Akibatnya, sejumlah yayasan tetap masuk sebagai mitra meski tidak memenuhi persyaratan administrasi maupun teknis. Penyidik menemukan fakta bahwa yayasan-yayasan tersebut tidak layak mengikuti program, namun tetap lolos seleksi.
Penyidik juga menemukan hubungan antara sejumlah yayasan dan pejabat maupun pegawai BGN. Beberapa tersangka diduga mengendalikan yayasan melalui pihak lain untuk memperoleh keuntungan dari program MBG.
